Возможно ли хранение сертификата в главном офисе, а не в каждом магазине сети или отсканированнном виде?

Оригинал может храниться в главном офисе. Но для проверяющих органов в магазине должны быть копии сертификатов, либо заверенных нотариально, либо печатью держателя сертификата (т.е. фирмой, указанной в графе «сертификат выдан»). Если держателем сертификата является иностранный производитель, то сертификат заверяется российской фирмой-представителем.